選育良種是藥用植物栽培中的一項重要措施，多年來人們在長期的生產實踐中培育出很多優良品種，例如地黃優良品種金狀元、武涉1號、黑英比劣種產量提高1～3倍；北京1號、2號品種，在貧瘠土地栽培，同樣可獲得高產。薄荷品種海香1號，含薄荷腦量85％以上，江西1號品種含薄荷油2．64％-4.24％，比勝利薄荷含油量高1～4倍。紅花、川紅1號的產量比普通品種提高1倍等。此外，還選出來不少的優良類型如附子有南瓜葉和絲瓜葉型；人參有大馬牙、二馬牙、長脖和圓膀圓蘆型；浙貝母有寬葉型、鐵桿型；枸杞有江西1號、浙江2號等。這些優良類型之間的產量和有效成分的含量亦不同。
選種的目標應根據需要來確定，例如作為提取效成分為目的的，如金蕎麥一葉萩、蛔蒿和洋地黃、顛茄等，應選擇成分含量高的品種或類型。作為常用的重要藥材，如根莖類的貝母、細辛、黃連、延胡、白術等，應選高產優質的品種；花類藥材，如款冬花、金銀花等，應選藥用部位集中，便于機械化采收的品種。種子、果實類藥材，如薏仁、砂仁、山茱萸、使君子、梔子應選果大粒重產量高的品種。生長周期長的藥材，人參、三七、西洋參等，應選早熟品種。此外，更應重視選擇抗逆性強的品種如抗病蟲害、抗寒、抗澇等。選育品種的方法，通常采用雜交和連續的人工選擇兩種方法。
一、雜交分有性雜交和無性雜交，但經常采用的是有性雜交。
1、有性雜交 就是采用不同特性的親本植物進行支配。雜交種子所產生的種子叫雜種，它具有較強的生活力、較優良的性狀和容易變異等特征，從雜種中容易選擇和培育出人們所需要的優質高產的新品種。
2、無性雜交 是將兩個具有不同性狀的親本植物進行嫁接愈合而獲得無性雜種。從無性雜種中亦可。選擇和培育出優質高產的新品種。
二、連續的人工選擇是選種工作一項最基本最重要的方法。
就是采用連續不斷地從栽培植物的大田中或雜種后代的試驗地里，選擇具有優良性狀的單株或群體，并用人工的方法加以定向培育，形成優質高產品種。目前藥用植物栽培中，如地黃、薄荷等生產上所利用的品種，都是采用連續的人工選擇方法培育出來的
